Khác với tiêu chảy cấp tính, tiêu chảy mạn tính là thời gian bị tiêu chảy kéo dài trên 2 tuần, 1 tháng, bị dai dẳng, có những đợt tạm ngưng sau đó tái phát. Tình trạng chung của bệnh nhân mắc bệnh tiêu chảy mạn tính là phân lỏng, không quá nhiều nước, có khi phân sền sệt. Nguyên nhân có nhiều khác biệt với tiêu chảy cấp tính. Nhưng có nhiều trường hợp không tìm được nguyên nhân và khó chữa, nhưng nếu không được chẩn đoán đúng và chữa kịp thời thì có thể bị suy dinh dưỡng hoặc biến chứng khác. Một số nguyên nhân cơ bản có thể kể tới như:

1/ Bệnh của dạ dày

• Sau mổ cắt dạ dày.
• Hội chứng Zollinger – Ellison.
• Sau cắt thần kinh lang thang (dây thần kinh số X, gặp trong 25% trường hợp sau phẫu thuật).
• Viêm dạ dày thiểu dưỡng.

2/ Bệnh của ruột non

• Bệnh do viêm : bệnh Crohn, viêm ruột sau xạ trị, bệnh mô liên kết,…
• Bệnh do kém hấp thu: viêm giardia mãn, bệnh sprue, thiếu men disaccharidase, lymphoma ruột, xơ cứng bì tại ruột, thiếu ammaglobuline máu, dãn mạch bạch huyết vùng ruột.

2/ Bệnh của đại tràng

• Viêm loét đại tràng, trực tràng, túi thừa.
• Bệnh Crohn.
• U bướu đại tràng: có thể gây ra tiêu chảy hoặc táo bón. Nếu ung thư ngăn chặn sự di chuyển của phân, nó thường gây ra táo bón. Đôi khi, có sự bài ​​tiết nước phía dưới chỗ tắc nghẽn do khối ung thư và kết quả gây nên tình trạng tiêu chảy. Ung thư, đặc biệt là ở phần xa của đại tràng, có thể dẫn đến phân mỏng, dẹt trong lâm sàng miêu tả dẹt như “lá tre ”  Tiêu chảy hoặc táo bón do ung thư thường tiến triển ngày càng tồi tệ hơn theo thời gian do khối ung thư ngày càng phát triển. Ung thư trực tràng có thể dẫn đến một cảm giác đi đại tiện không hết phân.