Nhiều người quan ngại về những tác dụng phụ liên quan đến tiêm vaccin ngừa cúm. Tuy nhiên, các tác dụng phụ này thường không nghiêm trọng và ít khi xuất hiện. Trong phần lớn các trường hợp, chính việc không tiêm ngừa vaccin dẫn đến bị mắc bệnh cúm, gây hậu quả nghiêm trọng hơn rất nhiều đặc biệt cho trẻ em và người cao tuổi, đôi khi dẫn đến tử vong.

Một số tác dụng phụ của tiêm vaccin như: đau – sưng chổ tiêm, mệt mỏi. Thông thường các tác dụng phụ này không kéo dài hơn 2 ngày. Tác dụng phụ này xuất hiện do cơ thể của chúng ta tiết ra được chất thuốc (kháng thể) chống lại virus cúm và cũng chống lại bản thân vaccin dẫn đến các tác dụng phụ đó. Nói cách khác, việc xuất hiện tác dụng phụ là biểu hiện hệ thống miễn dịch hoạt động tốt.

Một tác dụng phụ khác có thể xuất hiện nhưng rất hiếm, đó là hiện tượng dị ứng với các thành phần của vaccin. Do vaccin được làm từ trứng gà, người có tiền căn dị ứng với trứng gà sẽ có nguy cơ bị dị ứng với vaccin ngừa cúm. Do vậy nếu có tiền căn dị ứng thì tốt hơn hết người bệnh nên thông báo cho bác sĩ để được tư vấn phù hợp. Các dấu hiệu của dị ứng thuốc có thể bao gồm nổi mề đay, khó thở, tăng nhịp tim, choáng.