Bản thân vi khuẩn H.Pylori không gây triệu chứng lâm sàng. Ngay cả với bệnh nhân bị viêm dạ dày hoặc viêm tá tràng, phần lớn các trường hợp bệnh nhân cũng không có than phiền rõ ràng chuyên biệt cho bệnh này. Tuy nhiên một khi bệnh diễn tiến nặng với biến chứng loét trên dạ dày, khi này chính các tổn thương này mới gây các triệu chứng khác nhau:

• Đau – khó chịu vùng thượng vị
• Chướng hơi, khó tiêu
• Ăn không ngon
• Buồn ói và ói
• Đi cầu phân đen (biến chứng xuất huyết tiêu hóa)
• Thiếu máu mạn (biến chứng mất máu qua đường tiêu hóa)

Các triệu chứng này không đặc hiệu cho bệnh nhiễm vi khuẩn H.Pylori, lại thường xuất hiện trong các tình trạng bệnh khác của hệ tiêu hóa và cả ngoài hệ tiêu hóa; chính vì các lý do này giải thích vì sao có khó khăn trong chẩn đoán tình trạng nhiễm HP trên lâm sàng.

Trong một số ít các trường hợp, tình trạng viêm mạn sẽ làm cho các tế bào biểu mô bị chuyển dạng ác tính gây ung thư. Xác suất có biến chứng ung thư trực tiếp do vi khuẩn H.Pylori là không cao. Tuy nhiên, do tỷ lệ người mắc H.Pylori trong dân số cao, có nơi đến 80-90% dân số, vấn đề ung thư dạ dày do vi trùng này trở thành vấn đề của sức khỏe cộng đồng. Nhất là đối với những vùng dịch tễ của bệnh, người dân bị phơi nhiễm sớm, thời gian mắc bệnh kéo dài nên nguy cơ bị ung thư có thể cao hơn.

Trên từng bệnh nhân cụ thể, bác sĩ cân nhắc các khía cạnh lợi hại giữa việc điều trị và việc theo dõi sao cho đem lại lợi ích cao nhất cho người bệnh. Do vậy chúng ta nên trực tiếp hỏi bác sĩ, trách việc sử dụng thuốc không phù hợp dẫn đến bệnh nặng và thuốc bị lờn hoặc bị tác dụng phụ của thuốc.